정의연은 대체로 횡령이나 비리가 아니라 실수라는 입장이야. 특히 몇몇 기사에는 강하게 반발했어. 5월 11일 한국경제의 <하룻밤 3,300만원 사용 정의연의 수상한 술값>, '악의적 허위보도'라며 모든 법적 수단을 동원해 대응하겠다고 밝혔어. 나중에 확인된 거지만 이건 국세청 기준에 따라 대표지급처를 후원의 날 행사를 열었던 술집 1곳으로 기재한 거라 "수상하다"고 할 건 아니었지. 19일 중앙일보의 <'아미'가 기부한 패딩...이용수·곽예남 할머니 못 받았다>도 정의연이 증거 동영상까지 제시하면서 반박했어.(기사는 수정됐어.) 정의연은 현 상황을 "적폐세력이 본질을 호도하며 벌이는 탄압"이라고 규정하고 있어. 다만, 회계 처리 오류에 대한 지적은 겸허히 수용하겠다며 추천받은 회계기관으로부터 객관적인 검증을 받겠다고 해.

경기 안성 힐링센터 관련한 의혹에서는 조금 달랐어. 정의연은 사업을 제대로 수행하지 못한 점, 기부금에 손실이 발생하게 된 점, 윤미향 당선인의 부친을 관리인으로 지정한 점에 대해 5월 16일 사과했어. 또 사회복지공동모금회가 힐링센터의 회계에 대해 최하 F등급을 매겼다는 지적이 나오자 회계 처리가 미숙했다며 고개를 숙였지. 지금까지 정의연이 발표한 입장은 여기를 보면 나와 있어. 

이와 별개로 여러 시민단체가 정의연과 윤 당선인을 업무상 배임·기부금품법 위반 등 혐의로 고발해서 서울 서부지검이 수사에 착수했고 20일엔 정의연을 압수수색했지. 미래통합당은 국정조사를 추진하겠다고 했고 더불어민주당은 사실 확인이 우선이라는 입장인데 앞으로 여론 추이 등을 지켜보고 진행할 것 같네. 

현재 거주 중인 경기도 수원 아파트 매입에 대한 의혹도 있어. 경매로 낙찰받아 2억여 원을 현금으로 지불하면서도 대출은 안 받았는데 자금 출처가 어디냐는 거야. 윤 당선인은 처음엔 전에 살던 아파트를 팔아서 마련했다고 해명했는데 매입 9개월 후에 전 아파트를 팔았다는 지적이 나오자 일부는 예·적금 해지, 나머지는 가족에게 빌렸다고 재차 해명했어. 이외에 그간 '위안부' 운동 관련한 모금을 윤 당선인 개인 계좌들로 받았다는 점에서 내역을 투명하게 공개해야 한다는 지적이 민주당에서도 나왔는데 아직 윤 당선인은 공개하지 않고 있어.